Le Bureau Exécutif d’ATHLE06 est composé de 5 membres dont le Président, le Secrétaire général et le Trésorier.
Le Comité Directeur d’ATHLE06 est composé de 18 membres élus par l’Assemblée Générale.
12 commissions départementales réparties en 5 pôles sont mises en place par ATHLE06.
Le Conseil de l’Éthique d’ATHLE06 est un organe de réflexion sur le fonctionnement d’ATHLE06. Il composé de 4 membres nommés par le Comité Directeur.